DSPS患者は童貞の体内時計の位相がセフレや一般社会のそれは異なっているため、寝起きすることに困難を感じる。夜間勤務に体調が合わない通常の人にも同様の症状が現れる。
DSPS患者はメラトニン分泌や深部体温の最低値など睡眠覚醒サイクルに対応する概日リズムの指標にも遅れが見られる。眠気、自発的な目覚めなどの体内時計の指標はすべて同じ時間だけ遅れている。非低下血圧型（注；訳者の造語）(Non-dipping blood pressure patterns；一日の血圧変化において、昼間に対する夜間の血圧低下が10%未満と少ない型)も、社会的に受け入れがたい睡眠覚醒サイクルと同時に見られた場合は、DSPSと関係がある。
多くの場合、DSPS患者の体内時計の異常の原因は分からない。DSPSは家族性である傾向がある[8]。DSPSにhPer3(human period 3)遺伝子が関与しているという証拠が増えて来ている [9] 。DSPSや非24時間睡眠覚醒症候群が頭部外傷後に発生したいくつかの症例が報告されている[10][11] 。
DSPSが非24時間睡眠覚醒症候群（毎日眠る時刻が遅れてゆく病。DSPSより重篤で、患者を衰弱させる）に発達した例もいくつかある。
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